①在早期感染高毒性PRRSV-1毒株后，那些存活下來的仔豬，在三周齡時相較于未能存活的仔豬，其鼻腔微生物群展現(xiàn)出更強(qiáng)的多樣性。
②反觀未能存活的仔豬，其鼻腔微生物群則呈現(xiàn)出以大腸桿菌為主導(dǎo)的失調(diào)狀態(tài)。這一現(xiàn)象表明，特定的微生物特征或許能夠助力仔豬增強(qiáng)對PRRSV-1的抵抗力。
③這些差異似乎并不只是局限于PRRSV感染，還與疫情暴發(fā)前各批次仔豬的存活情況有關(guān)。
材料和方法
該研究在一家1400頭母豬的豬場進(jìn)行，該豬場于2021年12月遭遇了一種高致病性PRRSV-1毒株的侵襲。研究人員利用在產(chǎn)房和保育舍定期監(jiān)測呼吸道病原體時，對來自不同窩的31頭三周齡PPRSV感染仔豬進(jìn)行了細(xì)致檢查。
待保育期結(jié)束，將這些仔豬區(qū)分為存活組（S）和非存活組（D）。通過 RT-qPCR技術(shù)確認(rèn)了PRRS以及IAV（豬流感病毒）感染情況，同時對鼻拭子的DNA進(jìn)行了16S rRNA測序。
后續(xù)運(yùn)用QIIME2軟件開展生物信息學(xué)分析，精準(zhǔn)確定了微生物的多樣性、豐富度以及分類學(xué)特征，并借助統(tǒng)計(jì)測試和多樣性指標(biāo)（例如Chao1和Shannon指數(shù)）對各組別進(jìn)行了全面比較。此外，利用Songbird、ANCOM以及PICRUSt2工具分析了差異豐富的分類群和推測的功能途徑。最終，在RStudio平臺中完成了微生物組數(shù)據(jù)的整合與可視化工作。
結(jié)果與討論
S組和D組豬仔的鼻腔微生物群組成存在顯著差異。存活豬仔表現(xiàn)出更高的菌群豐富度（Chao1指數(shù)，P=0.001），但多樣性相似（Shannon指數(shù)，P=0.66）。β多樣性分析顯示出S組和D組之間的明顯聚類，微生物差異部分受母豬不同窩次影響。有趣的是，D組中腸桿菌科和大腸桿菌的豐度更高。
圖1 使用chao1指數(shù)測量S（綠色）和D（紅色）組的α多樣性
疫情暴發(fā)前樣本根據(jù)存活結(jié)果表現(xiàn)出類似的聚集情況，這表明微生物群差異早于PRRSV-1暴發(fā)，并且與整體存活率增加有關(guān)。母豬微生物群也因窩產(chǎn)存活率以及疫情暴發(fā)前后的時期存在差異，將微生物群組成跨代聯(lián)系起來。
原文鏈接：https://umnswinenews.com/2025/02/21/nasal-microbial-diversity-is-associated-with-survival-in-piglets-infected-by-a-highly-virulent-prrsv%e2%80%911-strain/
